W 1988 roku rodzeństwo, Marianna i Jan Machoniowie przekazali franciszkanom z prowincji warszawskiej swoją ojcowiznę w Stoczku z polem, lasem, ogrodem, pasieką, stawem, zabudowaniami gospodarczymi i domem murowanym. Prowincja warszawska po namyśle przyjęła tą darowiznę zastanawiając się nad możliwością stworzenia w tym miejscu dzieła charytatywnego. Dwa lata później przybyli pierwsi franciszkanie.
Pierwszymi zakonnikami, którzy przybyli do Stoczka byli o. Mieczysław Seroczyński i br. Stefan Banaszczuk. Miało to miejsce dnia 29 sierpnia 1990 roku. Obaj zakonnicy przybyli ze Smardzewic, gdzie do tego czasu przebywali. Dzień później, czyli 30 sierpnia 990 roku, odprawiono pierwszą Mszę świętą z udziałem 12 osób. Miała ona miejsce na parterze domu w dwóch pokojach przystosowanych specjalnie do tego celu.
Po przeprowadzeniu generalnego remontu i przebudowy zamieszkali w tym gospodarstwie. Wygospodarowano na poddaszu dwa pokoje z łazienką, w dolnych pomieszczeniach z przybudówką otwarto kaplicę pół-publiczną. Odprawiano w niej z codzienną Mszą świętą dla okolicznych mieszkańców.
Dnia 2 czerwca 1998 roku zostało wydane pozwolenie metropolity lubelskiego na poświęcenie kamienia węgielnego pod nowy kompleks klasztorny z domem opieki społecznej. Dnia 13 czerwca 1998 roku odbył się obrzęd poświęcenia przy udziale bpa Wacława Skomruchy, sufragana z Siedlec. Dokonano poświęcenia krzyża i placu oraz wmurowania kamienia węgielnego, pochodzącego z bazyliki św. Antoniego z Padwy pod franciszkański i społeczny dom pomocy charytatywnej. Dnia 15 grudnia 1998 roku klasztor w Stoczku został podniesiony do stopnia domu filialnego podległego klasztorowi w Siedlcach.
Pierwotnie zakładano, że racją bytu franciszkanów w Stoczku ma być opieka duchowa nad Domem Pomocy Społecznej (mieszczącym się w 5 parterowych pawilonach), przy których miały osiedlić się siostry zakonne, pełniące posługę wobec chorych, starszych i niepełnosprawnych. W 1999 roku powołano specjalną fundację dla zapewnienia kontynuowania budowy, w międzyczasie jednak na skutek braku finansów jak i inwestorów budowa DPS została wstrzymana, pozostawiając budynek na poziomie niewykończonej piwnicy. Kapituła prowincjalna w 2004 roku podjęła decyzję o zmianie profilu obiektu, nadając klasztorowi charakter pustelni oraz domu do rekolekcji indywidualnych.
Mimo wielu trudności został wykończony budynek klasztorny i pobudowano kościół, który został wykończony. Kościół klasztorny pod wezwaniem św. Antoniego z Padwy, który dnia 29 maja 2011 został konsekrowany przez bpa Ryszarda Karpińskiego sufragana lubelskiego. W tym samym czasie klasztor został oddany do użytku. Od tego czasu klasztor stał się jeszcze większym ośrodkiem duszpasterskim dla okolicznej ludności.
Obecnie klasztor i rozpoczęte dzieło budowy Domu pomocy Społecznej czekają na dalsze decyzje władz prowincji warszawskiej.